1931 yılında Sağlık ve Sosyal Yardım Bakanlığı tarafından Şerefeddin câmii karşısındaki Hacı Ali Muallimhanesinde açılan bu müze Alâeddin bulvarı üzerindeki binasına nakledilmiştir. Hastalıklar mulajlarla ve resimlerle izah edilmektedir. Her gün açıktır.
Müze binası, Defter-i Hakani Senedat (Tapu Kadastro) Müdürü Salih Efendi tarafından 1875 yılında kagir bir konak olarak yaptırılmıştır. Salih Efendi’nin oğlu ile evlenen dönemin en aydın kadınlarından ve şairlerinden olan Şair Nigar evliliğinin ilk yıllarında ve sonra aralıklarla bu konakta ikamet etmiştir. Gotik, barok, neo-klasik ve oryantalist mimari ve süsleme ögeleri eklektik bir yapıda kullanılan konak, önemli bir sivil mimari örneğidir. Konak bir dönem Yıldız Teknik Üniversitesi’nin çekirdeğini oluşturan Kondüktör Mektebi-i Alisi’ne hizmet vermiştir (1911–1914).
Dönemin Sıhhiye Umum Müdürü Dr. Adnan Adıvar tarafından kurulmasına karar verilen Sağlık Müzesi, halkı salgın hastalıklardan korumak ve hijyen kurallarını öğretmek amacıyla 1917 yılında “Sıhhiye Müzesi” adı ile kurulmuştur. Müzenin başına hem iyi bir doktor hem de iyi bir ressam ve hattat olan Dr. Hikmet Hamdi getirilir. Hikmet Hamdi, resimle halka sağlık bilgisi vermiş, müze içinde mulaj atölyesi oluşturulmuş, yurt dışından getirilen hastalık mulajları çoğaltılarak sergilenmiştir. Sağlıkla ilgili sinema gösterimleri yapılmış, eğitim maketleri hazırlanmıştır.
Mütareke yıllarında konak, Milli Müdafaa Cemiyeti tarafından kullanılmış ve alt katına bir sinema stüdyosu kurularak ordu ve halk arasında işbirliğini güçlendirecek belgesel filmler çekilmiştir. Türk sinemasının ilk sessiz filmlerinden olan “Binnaz” bu mekanda çekilmiştir. Birinci Dünya Savaşı sonrasında İtilaf devletleri İstanbul’u resmen işgal edince Sağlık Müzesinin bulunduğu binaya da İtalyan askerleri tarafından el konulmuş, kısa bir süre sonra müracaatlar üzerine müze İtalyan askerlerinden boşaltılıp tekrar sahibine iade edilmişti. Sanayi-i Nefise Mektebi (Mimar Sinan Güzel Sanatlar Üniversitesi) binanın bir bölümünü aralıklarla kullanmıştır (1920-1921).
Cumhuriyetin ilk yıllarında Sıhhat ve İçtimai Muavenet Vekaleti (Sağlık Bakanlığı) müze ile yakından ilgilenmiş, sağlık alanında önemli rol oynayan bu müze örnek alınarak 13 vilayette kurmuştur. Bu vilayetlerin bilinenleri; Ankara, Aksaray, Bursa, Urfa, Ordu, Trabzon, Edirne, Konya, Giresun’dur.
